【体験アドバイザー：uchiの回答】

こんにちは。私はダイビングでどちらの島も体験していますが、結論からしてどちらでも良いと思いますよ。

決して投げやりに適当に回答しているのではありません。どちらの島にも魅力があって甲乙つけがたいのです。
あとはうみんちゅーさまが何を重視するかだと思いますので、私の経験談を踏まえて、それぞれの島の特徴を挙げていきたいと思います。

メインの海は

まず、海についてですが、こちらが一番大事なポイントでしょうか。

石垣島の海は、個人的な感想としては、とても透明度が高く感じました。
それに対して宮古島は、もちろん透明度もあり砂浜も抜群に綺麗ですが、岩場や洞窟などが多くて、潜り甲斐のある場所だなという印象です。

ただ、海は石垣島がより透明度が高い、と言いましたが、正直個人の意見ですし、ほとんと大差がないというのが正直なところです。
少なくとも沖縄本島の観光地化しているスポットよりは断然きれいです。
＞石垣島・八重山諸島のダイビングポイントガイド
＞宮古島・伊良部島のダイビングポイントガイド

周りの島へのアクセス環境

次に、その他の島へのアクセスですが、もしうみんちゅーさまがもっと小さな離島にもフェリーで移動したい！と言うなら、石垣島の方がおススメです。

石垣島周辺には、竹富島、小浜島、鳩間島、黒島、西表島など数多くの離島があります。
いくつもの離島に触れて、たくさん自然を味わいたいと思うなら石垣島ですかね。
ただし、大きな荷物や子連れでのフェリー移動は若干堪えます。
＞あかぽんの初心者用ダイビングポイントガイド・鳩間島ラビリンス〜地形も生物も楽しめる♪

宮古島はというと、周辺の離島は数自体は少なく感じますが、伊良部大橋という大きな橋が開通しましたので、車で移動することができるのが大きな魅力です。
また、来間島と池間島という小さな離島にも橋で繋がっています。こちらのほうがアクセスは抜群ですね。

懸念事項を言うとすれば、この伊良部島には今後大型の宿泊施設などが次々に建てられる予定があるみたいで、そうなると観光客がどっと訪れて今の綺麗な海が保てるかどうか疑問です。
観光客も大事ですが、伊良部島の魅力は自然の多さなので、それを忘れずにキープして欲しところです。

観光も楽しみたいなら

ダイビングではほぼ互角ですが、その他に関しては、好き嫌いがはっきり分かれると思います。
石垣島は、八重山諸島に行く人が多いこともあってフェリー乗り場の周辺に宿泊施設や飲食店が集中していて、おしゃれなカフェやバーもたくさんあります。
宮古島は、西里大通りという商店街に飲食店が集中していて、少しはずれたところには昔ながらのスナックやバーもたくさんあって観光客だけでなく地元の人も多く訪れています。
＞んみゃーち宮古！空港＆ストリートギャラリー

有名なビーチは宮古島の方が多く、なかでも与那覇前浜ビーチをはじめとする4ビーチは魅力たっぷりです。
＞宮古島の人気ビーチTOP4！

石垣島は、ビーチの個性や観光スポットの多さは宮古島に比べると若干見劣る印象です。でも、フェリー乗り場の周りはかなり活気があって、大阪や東京などから進出してきた人が経営しているおしゃれなお店がたくさんあって楽しめます。
また、石垣港はかなりの広さで、新鮮な海の幸が楽しめる粋なお店もあります。石垣島に行くなら絶対寄ってほしいスポットです。
＞（観光ログ）活気！石垣港離島ターミナル！

ということで、長くなってしまいましたが、それぞれの島の特徴はこんな感じでしょうか。

私としては、うみんちゅーさまがダイビングだけではなく、その地域の観光スポットも満喫したい、というのなら宮古島がよいと思いますが、あくまでダイビングがメインというなら、好みで決めてもどちらでも後悔しないと思います。（uchi）